בהפטרה לפרשת תולדות אנו קוראים (מלאכי א' ג'):
וְאֶת עֵשָׂו שָׂנֵאתִי.
הניסוח החריג שבו אלהים שונא אומה מסויימת יכול להיות מוסבר על רקע הבעיה שאיתה מתמודד מלאכי. כידוע שיבת ציון התרחשה בכמה גלי עליה שנמשכו לפחות כ-100 שנה. קשה לדעת מה זמנו של מלאכי אבל ברור שאינו בן הגל הראשון שכן לא רק שהוא מתייחס למקדש כבנוי (מה שהתרחש למעלה מ-20 שנה לאחר גל העליה הראשון) אלא שכבר יש לו ביקורת על הכהנים המשמשים בו ועל אופן פולחנם. עם זאת, לכל אורך תקופת שיבת ציון המצב בפחוות יהודה קשה מבחינה כלכלית ביטחונית ודתית. בכל פעם מנהיגים יהודים (ששבצר, זרובבל, עזרא, נחמיה) משכנעים את המלך הפרסי לתקצב את שיקום האוטונומיה היהודית ולתת למנהיגיה סמכויות שונות. במקביל הם משכנעים עוד ועוד גולים לתרום כסף למפעל ו/או לעלות לארץ, כך שלכל אחד מהמנהיגים הללו מתווסף גל עליה, וכל אחד מהם מביא גם את התרומות שהצליח לאסוף. (היחס האמביוולנטי לגולה ולבני הגולה ככל הנראה משוקע בתשתית מגילת אסתר המתארת את אותה תקופה היסטורית.)
מלאכי מבקש מצד אחד לשכנע את העם בהיתכנות של הפרויקט הציוני (במובן שיבת ציון) ובמקביל לבקר את מימושו של הפרויקט. נראה שלצורך כך הוא משווה בין חורבן ממלכת אדום שהתרחשה בתקופה קרובה לחורבן ממלכת יהודה, (במאות ה5-6 לפנה"ס. נחרבה אדום ע"י הנבטים) לבין החורבן היהודאי.
מלאכי טוען שלממלכת אדום אין סיכוי להשתקם כי ה' "שונא" אותם. היסטורית הוא צדק. ממלכת אדום מעולם לא שוקמה ולבסוף האדומים נטמעו. לא לפני שהספיקו להיות מעורבים גם בחורבן המקדש הראשון, גם בחיסול הממלכה החשמונאית, וגם בחורבן המקדש השני. (יש סיבות היסטוריות משמעותיות מדוע המדרשים מזהים את עשיו / אדום עם צוררי ישראל הרצחניים ביותר בכל הדורות.)
לעומת זאת מנבא מלאכי שבני יעקב יצליחו לשקם את ממלכתם כי אלהים "אוהב" אותנו. מעין הבטחת הצלחה מיתית שאינה תלויה בביקורת הממשית שיש למלאכי כלפי שיקום ממלכת יהודה. האמונה באהבה הזו כתשתית המפעל של שיבת ציון מאפשרת למלאכי להעביר ביקורת קיצונית על מימוש המפעל מבחינה דתית, שנעשה לטעמו באופן שפוגע עמוקות בקדשי ישראל, כמו למשל במילים הללו (מלאכי א', ו'-ז'):
לָכֶם הַכֹּהֲנִים בּוֹזֵי שְׁמִי.. מַגִּישִׁים עַל מִזְבְּחִי לֶחֶם מְגֹאָל…
במילים אחרות זו דרכו של מלאכי להצהיר על עצמו שהוא "ציוני" למרות הביקורת הדתית שלו על מימוש שיבת ציון ודווקא כדי שיוכל לבקר את המפעל הציוני של תקופתו.
גישה דומה מאוד נקט הראי"ה קוק בבואו לבקר את בעיותיו הדתיות של המפעל הציוני בזמנו. הוא העלה את המפעל הציוני להכרח מיתי-גאולי בנוסח "וָאֹהַב אֶת יַעֲקֹב", ובמקביל יצא חוצץ כנגד אי שמירת השבת, הכשרות, הצניעות וכו' במימוש המפעל, מבלי שהביקורת הזו תכריח אותו כאדם דתי שקדושת הפולחן אמורה להיות בראש מעייניו, לצאת כנגד המפעל הציוני.
מלאכי, כמו רבים מהוגי הציונות, כמו ציונים רבים עד ימינו אלו, מקדשים את שיבת ציון כשלעצמה, דווקא כדי שניתן יהיה לבקר את מימוש המפעל הציוני, מבלי להפנות לו עורף.