פרשת פנחס מתחילה בסיכום ארוע שקרה בפרשה הקודמת, פרשת בלק. העם מתחיל לעבוד את בעל פעור. על פי המסורת קשור הפולחן להפרשות צואה. על פי הקשר הכתוב קשור הפולחן לקיום יחסי מין פומביים. כך או כך מדובר בעבודה זרה וולגרית במיוחד. בשל חטא זה אלהים מביא מגיפה בה נהרגים 24,000(!) איש. תוך כדי החטא שוכב אחד מנשיאי העם, זמרי, עם אשה מדיינית, ונראה שזה חלק מהפולחן. פנחס הורג אותם ללא דין וללא דיין, לעיני כל. לאחר מכן המגיפה נעצרת. המפרשים חלוקים מאוד ביחס למעשהו של פנחס. נראה כי התנ"ך עצמו מעריך מאוד את מעשהו. בפרשה אלהים מברך אותו (במדבר, כ"ה י"ב):
הִנְנִי נֹתֵן לוֹ אֶת בְּרִיתִי שָׁלוֹם
ספר תהלים משורר לו כמושיע ודורש את מעשהו כך (תהלים ק"ו ל'-ל"א):
וַיַּעֲמֹד פִּינְחָס וַיְפַלֵּל וַתֵּעָצַר הַמַּגֵּפָה. וַתֵּחָשֶׁב לוֹ לִצְדָקָה לְדֹר וָדֹר עַד עוֹלָם.
צדקה בתנ"ך משמעה צדק, דין. אולם המדרש שמציע ספר תהילים כבר הופך את מעשהו של פנחס על פניו. הוא לא רוצח כדי להושיע אלא מתפלל. חז"ל מנסים ליישב את הדברים. על הפסוק מתהילים דורשת הגמרא (סנהדרין מ"ד א'):
אמר רבי אלעזר: "ויתפלל" לא נאמר אלא "ויפלל".
מלמד שעשה פלילות (=משפט) עם קונו (=עם אלהים).
בא וחבטן (והכה את הנשיא והמדיינית) לפני המקום (=אלהים).
אמר לפניו: רבונו של עולם, על אלו יפלו עשרים וארבעה אלף מישראל?!
לפי המדרש התלמודי פנחס לא ניסה להעניש את זמרי, גם לא להתפלל. הוא היה עסוק במשפט. הוא פשוט "שיגר" את זמרי לגנזי מרומים כראיה.
פשט הכתוב מהלל את הקנאות שעוצרת את העונש, האידיאל של תהילים הוא תפילה כנגד זעמו של האל, האידיאל התלמודי הוא משפט צדק שלא מתבייש לומר לאלהים: הגזמת! העונש חמור מדי לחטא. הקריאות השונות הללו של מעשה פנחס קוראות לנו לתת מענה רלוונטי: מהי הדרך האידיאלית בעינינו להתמודד עם תופעות חברתיות הרסניות?