את פירושו זה של הגר"א, יש להבין על רקע פירושו הכללי על נבואת בלעם (אדרת אליהו, במדבר כ"ד), בעיקר במהדורה רביעאה. הגר"א מרחיב שם מאוד בפירוש נבואת בלעם כנבואת אחרית הימים בה יקים ישראל ממלכה איתנה. לכן דווקא בהקשר הזה יציאתו כנגד עמלק כ"ראש ממלכות" מתבארת בעיקר כסייג, כביטוי למורכבות רעיון הממלכתיות עליו הוא חולם.
יתר על כן, האבן עזרא (ספרד, המאה ה-11) יוצא מפורשות כנגד מי שמפרש את המילים "רֵאשִׁית גּוֹיִם עֲמָלֵק" כאומה הראשונה או המרכזית וכך אומר הראב"ע על הפסוק:
ורבים פירשו ראשית גוים כי הם יחשבו בראש הגוים ולא היה כן.
לפי הראב"ע זה פשוט שגוי היסטורית. אכן לאחר פירושו זה הפרשנים המאוחרים יותר נמנעים מלפרש בסגנון של הגר"א. על כורחנו לא סביר לפרש את הגר"א כאילו הוא מתכוון לאומה הראשונה היסטורית או פוליטית. בניגוד לעמדת הראב"ע רש"י וכל המפרשים הקלאסיים אחריהם, בניגוד לפשט התורה, ובניגוד לידע ההיסטורי כשהגר"א ידוע כפרשן רגיש לידע על פי "החכמה".
על כרחנו יש להבין את דבריו על עמלק כחלק מהתייחסותו הרחבה לחלום הריבונות העצמאית בו הוא עוסק.