כאמור הסוגיה הבסיסית בניסיון ליישב את יום הכיפורים של יחזקאל שחל בניסן, עם יום הכיפורים של ספר ויקרא שחל בתשרי כפי שאנו מציינים כיום הינה סוגיה מהתקופה התנאית, שממשיכה בדור הראשון של האמוראים (מנחות מ"ה א'). אלא שמיד לאחר מכן נכנס עורך הגמרא, "הסתמא", עם אג'נדה חדשה.
הסוגיה הציעה שתי הבנות חלופיות: האחת, שיחזקאל סותר את ויקרא, והחג שהוא מתאר בניסן הוא אכן יום כיפור, והשניה היא, שיחזקאל מתאר את ימי המילואים (חנוכת המקדש) העתידי. מבחינה פולחנית, שתי ההבנות מתאימות לקרבן של פר חטאת. בשני המקרים זהו הקרבן הראוי לכפר על בית המקדש. לפי התורה וזהו הקרבן שהקריבו גם בימי המילואים לפי התורה (בפרשת שמיני) וגם ביום כיפור לפי התורה (בפרשת אחרי מות).
באופן מפתיע, עורך הגמרא מעמיד את הסוגיה על קושי שכלל אינו קיים בה. לשיטתו, הקושי המרכזי בדברי יחזקאל הוא, שהוא קובע שהפר הוא קורבן חטאת במקום שהיה צריך לקבוע שזהו קורבן עולה. קורבן עולה הוא קורבן מקודש במיוחד שמוקרב כולו לה', בין במועד שמצוּוים להקריב (כל יום, כל שבת, בראשי חדשים ובחגים) ובין לפי רצונו של המקריב להקדיש משלו לאלוהים. בראשי חדשים ומועדים, לצד קורבן העולה שהרבה פעמים הוא פר (או גם פר), מקריבים גם קורבן חטאת, לכפר על חטאינו. שנהיה ראויים למעמד ההקדשה לה' בקורבן עולה. בחגים ובראשי חדשים קורבן החטאת הוא שעיר עיזים, דהיינו הזכר בעיזים.
מה שמפריע לעורך הסוגייה זה לא שיחזקאל מדבר על רשימת מועדים, ועוד על ראש חודש ניסן. הוא מקשה על פרט אחד ויחיד: איך זה שבראש חודש ניסן של יחזקאל, הפר הוא קורבן חטאת ולא קורבן עולה… וזה כשכל הטקס דורש אליהו הנביא.
בהתאמה העורך מעלים את ההבדל בין הברייתא התנאית הקדומה יותר לבין המחלוקת המאוחרת שבין רבי יוחנן לרב אשי ונמנע גם מלהקשות על רבי יוחנן. אם עמדת רבי יוחנן זהה לעמדת רבי יהודה המוקדם ממנו, ורבי יהודה כבר ויתר על עמדתו לטובת רבי יוסי, מדוע חוזר רבי יוחנן בתקופה האמוראית על העמדה התנאית הדחויה?
זו הסכנה הגדולה של כור ההיתוך. בדורות הראשונים עוד יודעים שזו סוגיה כבדת משקל ובלתי ניתנת לפתרון. ברור שרבי יהודה ורבי יוחנן לא נדרשו לאליהו הנביא לפתרון קושי בפרט פולחני יחיד. ברור שהם הבינו שיחזקאל חולק רדיקלית על ליבת המסורת המקודשת – על פולחנו וזמנו של יום הכיפורים. אבל בגמרא, פשט דבריו של יחזקאל שיום הכיפורים חל בניסן לא נזכר ולו ברמז. העורך כבר לא יכול לעמוד בזה. כשמתחנכים בשיטת כור ההיתוך, מחלוקות יותר ויותר קטנות הופכות להיות איום יותר ויותר גדול. לכן העורך מסב את המימרה של רבי יוחנן ורבי יהודה כאילו היא מוסבת על פרט פולחני יחיד, על כך שיש לנו פר חטאת ולא שעיר חטאת, למרות שמדובר בראש חודש. לכן הוא מטשטש בהבניית הסוגייה את העובדה שבניגוד לרבי יהודה, רבי יוחנן לא קיבל את הפירוש שמדובר בימי מילואים. ולכן הוא לא טורח לברר מדוע.
כמה דורות לאחר מכן, עורך הסוגיה כבר לא מסוגל להכיל עוצמה כזו של מחלוקת.
זו הסכנה הגדולה בפרשנות ההרמוניסטית לסתירה בין יחזקאל וויקרא ולסתירות בכלל. פרשנות הרמוניסטית וגישות כור היתוך נראות במבט ראשון כאילו הן מצילות ממחלוקות. הן נדמות כמשמרות אחידות של המסורת ומבטיחות שהעם יחגוג מסורת אחת וחג אחד. אולם בפועל הן מייצרות קיטובים הרבה יותר חריפים. אם אחדות דורשת אחידות, הרי כל מחלוקת על כל פרט הופכת להיות מחלוקת המכילה איום כל כך קיומי שנדרשת התערבות של אליהו הנביא כדי לפתור אותה.